Seorang anak bernama Hiro atau Code 016, dulunya dia dikenal sebagai si jenius. Namun, dia mengalami kegagalan dan keberadaannya sudah tak diperlukan. Karena jika tidak berhasil memiloti FranXX sama saja mati. Suatu hari, seorang gadis misterius yang dikenal dengan nama Zero Two muncul di hadapannya, seorang gadis yang memiliki tanduk di kepalanya. Akankah pertemuan itu akan mengubah nasib Hiro?