Kaname Madoka dan Miki Sayaka adalah gadis SMP seperti pada umumnya. Kehidupannya mulai berubah ketika bertemu dengan murid baru, Akemi Homura dan makhluk magis bernama Kyuubey.
Kyuubey mengatakan pada mereka akan mengabulkan satu permohonan dengan syarat mereka harus menyetujui kontrak untuk menjadi gadis magis.
Mahou Shoujo Madoka★Magica bercerita tentang harapan, keputusasaan dan persahabatan. Seorang gadis magis harus mengorbankan banyak hal dan menghadapi berbagai kesulitan untuk membuat harapan menjadi kenyataan.