Wotaku ni Koi wa Muzukashii bercerita tentang komedi romatis antara Narumi Momose, otaku sekaligus pegawai kantoran yang baru saja diputus oleh pacar sekantornya. Agar bisa move on, dia memutuskan untuk pindah bekerja. Di kantor baru dia bertemu dengan Hirotaka Nifuji, seorang pria tampan, populer, dan pria yang dapat diandalkan di kantornya, namun ternyata adalah ia juga seorang Otaku. Mereka berdua adalah teman semasa SMP dan bertemu lagi di tempat kerja yang sama.